Prosjekt 2012–2016

Karakterisering av gen-varianter i inflammasjonsgener assosiert med lungekreftrisiko

Studien av normal genetisk variasjon er viktig for å forstå genetisk-betinget følsomhet for sykdom. Den normale variasjonen kan være bakgrunnen for et komplisert sykdomsbilde hvor multiple alleler i befolkningen kan bidra til kreftrisiko. Sekvensering av det humane genom har avdekket en stor grad av enkelnukleotid variasjoner (SNPer) i DNA molekylet.

Det er identifisert omlag 10 millioner SNPer som utgjør 90% av alle genetiske variasjoner. SNPer i regulatoriske (rSNPs) områder er av spesiell interesse da disse finnes i ikke-kodende områder og som regulerer genuttrykk. Analyse av rSNPs er derfor et viktig verktøy for å forstå hvordan SNPs påvirker regulering av signalveier under kreftutviklingen.
En lang rekke av SNPer er funnet assosiert med følsomhet for lungekreft. Det er nå stort behov for molekylærbiologisk karakterisering av risiko SNPs. Det er for tiden stor internasjonal aktivitet rundt kartlegging og funksjonell analyse av rSNPs. Integrering av genotype data generert i molekylær-epidemiologiske analyser med funksjonelle studier av risikogenotyper er viktig. Gjennom våre pågående assosiasjonsstudier har vi identifisert en rekke SNPer i inflammasjonsgener som kan modulere lungekreftrisikoen.
Målsetting:
I det nåværende prosjektet vil vi fokusere på molekylær-biologiske studier som kan belyse mekanismer for den assosierte risikoen. Vi vil spesifikt undersøke om risikogenotyper i sentrale inflammasjonsgener som interleukin 1-beta (IL1B) kan ha betydning for genuttrykk, DNA-protein binding, protein-protein binding, mRNA stabilitet og translasjonseffektivitet. Videre vil vi studere samspillet mellom sentrale transkripsjosfaktorer som NF-kB som regulere flere inflammasjonesgener med andre gener som YY1. Vi vil studere hvorledes 3-hydroxymetly cytosin kan påvirke genuttrykk av TERT genet.

SAMARBEIDSPARTNERE UTENFOR STAMI:

Professor Arne Klungland, Oslo Universitets sykehus, Rikshospitalet